Библиотеки, написанные на Nextflow

rnaseq

Конвейер анализа секвенирования РНК с использованием STAR, RSEM, HISAT2 или Salmon с подсчетом генов/изоформ и тщательным контролем качества.
  • 646
  • MIT

patterns

Подборка шаблонов реализации Nextflow (от nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Конвейер анализа для обнаружения зародышевых или соматических вариантов (предварительная обработка, вызов вариантов и аннотация) из WGS / целевого секвенирования.
  • 256
  • MIT

chipseq

Пиковый вызов ChIP-seq, конвейер контроля качества и дифференциального анализа.
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq для определения пиковых значений и конвейера анализа контроля качества.
  • 142
  • MIT

mag

Сборка и биннинг метагеномов.
  • 134
  • MIT

eager

Полностью воспроизводимый и современный конвейер анализа древней ДНК.
  • 96
  • MIT

configs

Файлы конфигурации, используемые для определения параметров, характерных для вычислительных сред в разных учреждениях (по nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Доказательство концепции конвейера RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) передовой рабочий процесс для редких заболеваний.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Прецизионное HLA-типирование на основе данных секвенирования нового поколения.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Доказательство концепции конвейера RNA-Seq с Nextflow.
  • 28

GATK

Вариант зародышевой линии, вызывающий конвейер Nextflow на основе передового опыта GATK4.
  • 11